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實習醫生日記之頑固失眠

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Oncotarget:本科生發現腦癌風險基因

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摘要:年月日訊生物谷年一名叫做的本科生跟自己的實驗室導師申請做一些
2018年2月9日 訊 /生物谷BIOON/ --2016年,一名叫做Leland Dunwoodie的本科生跟自己的實驗室導師申請做一些"與人相關的"研究,但當時的他可能無法想到自己未來將會發現22個與神經膠質瘤有關的風險基因。相關結果發表在最近一期的《Oncotarget》雜志上。
"與其它腫瘤類似,神經膠質瘤的發生是由一系列遺傳以及表觀遺傳因子共同影響的", Dunwoodie說道:"如果能夠找到一個關鍵的調控元件的話,我們一定會設計相關的藥物,以拯救數以百萬計的患者"。
然而,神經膠質瘤的復雜性使得Dunwoodie 所在的Feltus'教授實驗室不得不投入全部精力研究。Feltus教授的研究方向是系統遺傳學,即利用計算機以及數學的手段對生物系統進行分析,包括基因以及調節通路。
Oncotarget:本科生發現腦癌風險基因

在這一研究中,Dunwoodie首先收集了TCGA以及NCBI的數據庫中的相關數據。從TCGA中,Dunwoodie收集了2000多份腫瘤的基因表達數據,每一份都詳細介紹了基因水平腫瘤細胞與正常細胞的差異。腫瘤的類型包括膀胱癌、卵巢癌、胸腺癌、良性膠質瘤以及惡性膠質瘤物種。
這2000多份數據總共囊括了75000個基因,作者將其整理為基因表達矩陣(GEM),這個表能夠對每一種組織中每一個基因的表達進行定量。此外,作者根據從NCBI獲得的數據整理了另外一個獨立的表格,包括210000種不同的基因。
利用計算機程序,作者分析得到了基因的協同表達網絡,這一圖譜能夠揭示基因之間的相互作用。
"從這些數據中,我們總共鑒定出了22個存在協同表達特性的基因。由于我們得到的僅僅是相關性的結果,因此難以說明他們一定存在生物學上的因果聯系,更有可能的是這些基因會受到同一上游信號的調節"
此外,由于這些基因的協同表達特性在神經膠質瘤中相對更加明顯,因此作者認為這些基因可能是揭示腫瘤發生以及設計相關藥物的潛在靶點。(生物谷Bioon.com)
資訊出處:Undergraduate student uncovers genes associated with aggressive form of brain cancer
原始出處:Leland J. Dunwoodie et al, Discovery and validation of a glioblastoma co-expressed gene module, Oncotarget (2018). DOI: 10.18632/oncotarget.24228 
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