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微生物學重大創新技術:混合培養 

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摘要:TM:微生物混合培養前景可期(綜述)Trends in Microbiology[IF:11.020]① 自微生物學建立以來一直受到單純培養的限制,而混合培養模式的出現為了解微生物開辟了另一條途徑,也對微生物生態、共生、病理等領域產生了深刻影響;② 而從純培養到混合培養的轉變主要依賴于三項技術的進步:微流體技術,下一代3D生物打印,單細胞代謝組學;③ 這些技術的進步有望在未來實現涉及三種及以上微生
微生物學重大創新技術:混合培養 

TM:微生物混合培養前景可期(綜述)
Trends in Microbiology[IF:11.020]
① 自微生物學建立以來一直受到單純培養的限制,而混合培養模式的出現為了解微生物開辟了另一條途徑,也對微生物生態、共生、病理等領域產生了深刻影響;② 而從純培養到混合培養的轉變主要依賴于三項技術的進步:微流體技術,下一代3D生物打印,單細胞代謝組學;③ 這些技術的進步有望在未來實現涉及三種及以上微生物的系統性大規模共生培養研究;④ 相關最新技術包括:傳統培養法、微流控技術、基于微滴的封裝技術、不同的chamber等。
From Axenic to Mixed Cultures: Technological Advances Accelerating a Paradigm Shift in Microbiology
2017-11-27  DOI: 10.1016/j.tim.2017.11.004
微生物學重大創新技術:混合培養 

NPJBM:結直腸癌組織中的生物被膜及菌群特征
NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:N/A]
① 對來自馬來西亞的一組結直腸癌(CRC)患者進行16S rRNA基因擴增子測序和生物被膜定量分析,并對另11個數據庫中CRC患者的糞便和結直腸組織菌群的公開數據進行了高分辨率的薈萃分析;② 結果證實CRC組織富集了侵襲性生物被膜(尤其是右側腫瘤)、1種具有致腫瘤發生能力的共生體(脆弱擬桿菌)和口腔致病菌(包括具核梭桿菌、消化鏈球菌、 Parvimonas micra);③ 來自人口腔菌群的物種在CRC組織中高度富集。
High-resolution bacterial 16S rRNA gene profile meta-analysis and biofilm status reveal common colorectal cancer consortia
2017-11-29  DOI: 10.1038/s41522-017-0040-3
微生物學重大創新技術:混合培養 

NPJBM:與抗結直腸癌藥物代謝相關的腸道菌群特征
NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:N/A]
① 腸道內的細菌β-葡萄糖醛酸酶(BG)可再活化排泄至腸道的無活性的伊立替康的代謝產物(SN-38G);② 收集20例健康志愿者的糞便樣本進行分析,未發現與代謝型相關的菌群特征;③ 轉換率高的菌群代謝型,明顯增加伊立替康依賴性不良反應的風險,該型與某些細菌(包括柔嫩梭菌群、擬桿菌屬物種、未培養的梭菌屬物種)的BG相關,④ 在目標人群中抑制BG可減少伊立替康依賴性不良反應;⑤ 宏基因組聯合代謝組學,有助于研發分析CRC療效的生物標志物。
Human microbiome signatures of differential colorectal cancer drug metabolism
2017-11-01  DOI: 10.1038/s41522-017-0034-1
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ACSID:腸道菌群如何代謝抗腫瘤藥物阿霉素
ACS Infectious Diseases[IF:3.600]
① 篩選分析腸道菌群分離株使抗腫瘤藥物阿霉素失活的能力;② 鑒定出Raoultella planticola在厭氧條件下是潛在的使藥物失活的菌株;③ R. planticola可使阿霉素去糖基化,生成代謝產物7-脫氧阿霉素醇及7-脫氧doxorubicinolone;④ 厭氧條件下,阿霉素還可被肺炎克雷伯菌及大腸桿菌BW25113降解,降解過程需要鉬喋呤依賴性酶的參與;⑤ R. planticola對阿霉素的去糖基化可降低藥物對秀麗隱桿線蟲的毒性。
Transformation of the anticancer drug doxorubicin in the human gut microbiome
2017-11-21  DOI: 10.1021/acsinfecdis.7b00166
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COP:測序用于兒科感染診斷(綜述)
Current Opinion in Pediatrics[IF:2.234]
① 用宏基因組學檢測病原體時,無需預判病原體范圍,也不存在靶向測序法中的偏倚性;② 近年來,宏基因組學方法已開始被用于診斷感染、鑒定抗性基因、調查疾病爆發和防控傳染病;③ 宏基因組學方法的耗時和成本在不斷降低,在兒科臨床感染診斷等領域里有很好的應用前景,如檢測中樞神經系統中的病毒感染、檢測新型病原體感染等;④ 存在的局限包括:人體DNA的污染、生信分析的難度、缺乏標準流程、鑒定出病原體的遺傳物質不等同于感染,等等。
Metagenomics in pediatrics: using a shotgun approach to diagnose infections
2017-11-17  DOI: 10.1097/MOP.0000000000000577
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SR:可靠的代謝綜合征小鼠模型
Scientific Reports[IF:4.259]
① TSOD小鼠可自發性發生肥胖和肥胖相關的綜合征;② 相比同齡正常小鼠,24周齡的TSOD小鼠的革蘭氏陽性菌增加,革蘭氏陰性菌減少;③ 擬桿菌門相對豐度降低,厚壁菌門相對豐度增加,且9個菌屬發生了變化;④ 血漿總短鏈脂肪酸(SCFA)含量顯著低于正常鼠,乙酸含量降低,丙酸和丁酸含量增加,且不含戊酸和己酸等少數SCFA;⑤ TSOD小鼠因腸道菌群失調繼而破壞血漿SCFA組成,是研究腸道菌群失調、SCFA和代謝綜合征的有用模型。
Analysis of the gut microbiome and plasma short-chain fatty acid profiles in a spontaneous mouse model of metabolic syndrome
2017-11-20  DOI: 10.1038/s41598-017-16189-5
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Science:亞硝酸鹽氧化細菌在深海碳固定中的作用Science[IF:37.205]
① 采用16S rRNA基因PCR,篩選了39份深海氧合水團樣本和2份海岸系統季節性氧樣本中的細菌和古菌的3463個單擴增基因組(SAG);② 單細胞基因組學和群落宏基因組學提示,海洋中Nitrospinae菌門是豐度最高、全球分布最廣泛的亞硝酸鹽氧化細菌(NOB);③ 宏蛋白質組和宏轉錄組學分析提示亞硝酸鹽氧化是Nitrospinae菌門的最主要產能途徑;④ Nitrospinae菌門固定了北大西洋西部中遠海15-45%的無機碳。
Major role of nitrite-oxidizing bacteria in dark ocean carbon fixation
2017-11-24  DOI: 10.1126/science.aan8260
微生物學重大創新技術:混合培養 

FM:與遠古火星有相似點的地球高硫酸鹽環境存微生物Frontiers in Microbiology[IF:4.076]
① 生物可在高滲透壓、高鹽低水環境中生存,火星上硫酸鹽廣泛沉積,可見遠古的火星正是鹽水遍布的極端環境;② 利用加拿大的斑點湖(高硫酸鹽水平)模仿遠古火星進行實驗,通過宏基因組測序獲得沉積物中微生物結構的表征;③ 鑒定出包含厚壁菌門、擬桿菌門等在內的多樣性細菌菌落,大量未知細菌及少量古菌,幾乎沒有DNA病毒;④ 高鹽、高礦化的環境并不能阻擋微生物生存,相反,有助于有機材料和生物標志物的保留。
Microbial Diversity in a Hypersaline Sulfate Lake: A Terrestrial Analog of Ancient Mars
2017-09-26  DOI: 10.3389/fmicb.2017.01819微生物學重大創新技術:混合培養 
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