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兩篇Nat Methods:重磅!科學家成功利用基因組的社交網絡尋找驅動癌癥發生的基因突變

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摘要:2017年12月6日 訊 /生物谷BIOON/ --任何一個腫瘤都可能有成千上萬個不同的基因突變,但對研究者而言,最大的挑戰就是如何尋找到驅動突變,這些突變通常能夠促進癌變效應,有望成為潛在療法的新型靶點。圖片摘自:Lauren Solomon, Broad Communications 近日,刊登在國際雜志Nature Methods上的研究報告中,來自麻省總醫院等機構的研究人員成功利用一種開源

2017年12月6日 訊 /生物谷BIOON/ --任何一個腫瘤都可能有成千上萬個不同的基因突變,但對研究者而言,最大的挑戰就是如何尋找到驅動突變,這些突變通常能夠促進癌變效應,有望成為潛在療法的新型靶點。

兩篇Nat Methods:重磅!科學家成功利用基因組的社交網絡尋找驅動癌癥發生的基因突變

圖片摘自:Lauren Solomon, Broad Communications

近日,刊登在國際雜志Nature Methods上的研究報告中,來自麻省總醫院等機構的研究人員成功利用一種開源計算機工具,通過將癌癥基因組數據同蛋白互作數據相結合,成功找到了驅動癌癥的近突變,NetSig工具就是研究者所使用的一種補充工具,其能夠從當前的分析數據流中有效擴展對癌癥基因組的發現。

蛋白互作能夠揭示一類基因組臉譜,這是一種能夠通過基因共享信息并且攜帶特殊功能的社交網絡,這種額外的功能視角還能幫助研究人員有效鑒別出一些高度可靠的驅動子,尤其是很少發生突變的基因。為了開發出NetSig工具,研究人員對來自4742份涉及21中癌癥類型的腫瘤樣本的外顯子組數據進行歸并整合,隨后研究人員在一系列實驗中證實了NetSig的能力。

這種新型工具—NetSig具有如下功能:1)能夠在所檢測的60%的腫瘤類型中識別出已知的的癌癥驅動子,包括那些相對較少的樣本;2)能夠預測證實實驗證明具有促腫瘤效應的新型驅動基因;3)能夠在TCGA和其它數據庫中鑒別出迄今為止未被注意的驅動基因,尤其是,NetSig工具還能夠發現,此前被認為致癌基因陰性(也就是說,未在患者機體中檢測到致癌基因)的肺部腫瘤患者中有4%至14%的患者或許會攜帶有促進癌癥發生的AKT2或TFDP2基因的額外拷貝。(生物谷Bioon.com)

原始出處:

Taibo Li, Rasmus Wernersson, Rasmus B Hansen, et al. A scored human protein–protein interaction network to catalyze genomic interpretation. Nature Methods 14, 61–64 (2017) doi:10.1038/nmeth.4083

Heiko Horn, Michael S Lawrence, Candace R Chouinard, et al. NetSig: network-based discovery from cancer genomes. Nature Methods doi:10.1038/nmeth.4514

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