3G手機版

實習醫生日記之頑固失眠

實習醫生日記之頑固失眠

今日去我院某教授跟門診,有一位中年女性患者因“反復失眠20余年”來就診。在此之前我并不知道真正意義上的熊貓眼,不過今日可真的見識到了,特拍了一張照片:

實習醫生日記之—妊娠劇吐

實習醫生日記之—妊娠劇吐

劉某,女,32歲,第一次懷孕,停經已12周。該患者停經的第九周開始出現惡心嘔吐,開始時嘔吐尚不多,3-5次每天。后來嘔吐逐漸加重,7-8次每天,嘔不能食,嘔出食物及黃膽水。

實習醫生日記之豬蹄腳

實習醫生日記之豬蹄腳

組成 黃芪10克,黨參(或太子參)10克,丹參10克,炒白術10克,薏苡仁15克,仙鶴草15克,白花蛇舌草15克,甘草5克。功能 益氣活血,健運脾胃。主治 適用于治療慢性萎縮性胃炎,或伴有腸上皮化生等

你現在的位置:首頁 > 生物基因 > 生物研究 > 生物信息 > 正文

基于二代測序平臺新技術SSRseq™,引領SSR分析新方向

字號:T|T|T
摘要:摘要當生命科學邁入到時代之后目前常用的跑電泳比大小的檢測技術已經無法滿足科研工作者對準確高效定量的要求高通量測序技術的發展讓這一目標成為現實上海天昊生物創新技術基于主流二代測序平臺開發把的序列信息及比例信息一網打盡引領了基因分型技術的革新發展什么是
摘要:當生命科學邁入到ATCG時代之后,目前常用的“跑電泳,比大小”的SSR檢測技術,已經無法滿足科研工作者對“準確、高效、定量”的要求。高通量測序技術的發展,讓這一目標成為現實。上海天昊生物創新技術—SSRseqTM,基于主流二代測序平臺開發,把SSR的“序列信息”及“比例信息”一網打盡,引領了SSR基因分型技術的革新發展。 
什么是SSR?
SSR (Simple Sequence Repeats,簡單序列重復),或稱STR(Short Tandem Repeat,短片段串聯重復)或者MST(Microsatellites,微衛星),廣泛的存在于真核生物基因組中。大多數SSR是非編碼序列,有時可以影響基因表達、剪接、蛋白序列及基因組結構等。因為SSR自身具有高度的變異性,因此不同品種和個體之間常常具有多態性的特點。雖然如此,但是SSR側翼區域的序列卻在物種內具有很高保守性,有時這種保守型甚至在物種間存在。正是因為SSR序列多態性和它側翼序列保守性特點,使得它成為一種理想的遺傳分子標記(圖1),目前在包括DNA指紋圖譜分析、遺傳作圖、親緣關系鑒定、分子輔助育種、遺傳多樣性分析、種子純度及品系鑒定中發揮著重要的作用。
基于二代測序平臺新技術SSRseq™,引領SSR分析新方向
圖1、SSR結構特點
SSR傳統檢測方法的不足
SSR多樣性產生的最主要原因是在SSR復制過程中DNA聚合酶固有的“滑移”現象造成的。目前檢測SSR方法主要包括基于瓊脂糖凝膠電泳、聚丙烯酰胺凝膠電泳、毛細管電泳等方法,普遍存在著分辨率不高、準確度不夠、效率及通量不高等問題。例如,目前國家現行多種農作物SSR標記法鑒定品種技術標準中,就是基于跑電泳、比大小進行分型的,僅僅用到十幾到幾十個SSR標記。這些有限的SSR不足以構建高質量SSR指紋圖譜用于區分親緣性高物種間的關系。全基因組重測序雖然一次可以檢測大量SSR位點,但是SSR序列僅僅占整個基因組的很小部分,例如人類基因組中的SSR只占3%左右,因此全基因組重測序會獲得很多我們并不關心的冗余序列,這就稀釋了所測有用數據的比例,使得SSR位點的測序深度很難超過10-100X,這樣在合理的測序價格內,利用全基因組重測序的方法就難以得到準確性高的SSR分型。另外,用全基因組重測序進行SSR分型還會導致某些SSR位點的擴增偏好性以及SSR重復序列較高難度的數據分析等問題。
SSRseq™的技術優勢
天昊生物自主研發的SSR分型新技術—SSRseq™,這種方法幾乎克服了現存所有檢測方法的不足,尤其適合對多SSR位點、超高深度的分型,準確度高,并且分辨率達到單堿基的水平,具體技術優勢包括:1)采用主流二代測序平臺,精確檢測重復單元、頻數和相對比例信息;2)除了高效準確檢測二倍體真核生物SSR外,SSRseq™技術還能夠得到不同等位基因的比例信息,尤其適合多倍體動植物SSR檢測(目前的電泳方法無法得到該信息)。前期在對六倍體植物油茶的SSR分型中,利用不同等位基因的比例數據,提高了多倍體物種遺傳多樣性分析的準確度,獲得了更加清晰的遺傳結構圖。3) 目標序列已知情況下,避免插入缺失引起的基因型誤判(圖2);
基于二代測序平臺新技術SSRseq™,引領SSR分析新方向
圖2、A、B兩個樣本通過SSRseqTM可以準確區分,避免插入缺失引起的基因型誤判4) 避免將非特異性擴增條帶誤判為等位基因(圖3);
基于二代測序平臺新技術SSRseq™,引領SSR分析新方向
圖3、避免非特異性擴增條帶的誤判5) 不需要人工判讀基因型,基于生物信息學分析流程高效、準確分型;6) 獨創的基于二代數據的“滑移校正”及“擴增效率校正”,避免將滑移峰誤判為等位基因;7) 相對于傳統技術,高通量、低費用;8) 相比全基因組重測序,目標性更強,測序深度更高、性價比更高。
SSRseq™適用范圍:
因此,SSRseq™技術適合所有二倍體及已知倍體多倍體動植物及真核微生物的SSR位點分型。考慮到檢測成本情況,SSRseq™在分型位點數和樣本量都較小的情況下性價比較差,一般建議SSR檢測位點數不少于10個,樣本量不少于100個。 (生物谷 bioon.com)
欲知更多技術細節,請關注“上海天昊生物”微信公眾號基于二代測序平臺新技術SSRseq™,引領SSR分析新方向
技術支持及聯系方式:技術支持熱線: 400-065-6886,郵箱:techsupport@geneskies.com或者聯系本地銷售,獲取更加優質的服務。欲了解更多信息,歡迎訪問:http://www.geneskybiotech.com/index.html
溫馨提示:87%用戶都在生物谷APP上閱讀,掃描立刻下載! 天天精彩!
基于二代測序平臺新技術SSRseq™,引領SSR分析新方向
發貼區
昵稱|
注冊
 歡迎您! | 退出

網友評論僅供其表達個人看法,并不表明山藥網同意其觀點或證實其描述。

可以輸入300個字

返回頂部↑
網站簡介 | 網站地圖 | 人才招聘 | 法律聲明 | 聯系方式
Copyright © 2010-2016 www.sunyet.com 版權所有 神農山藥網 - 健康門戶網站
粵ICP備10229438號-1 | |