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實習醫生日記之頑固失眠

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實習醫生日記之豬蹄腳

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Nature:我國科學家成功對深圳擬蘭基因組進行測序,揭示其進化之謎

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摘要:開花植物深圳擬蘭圖片來自和年月日生物谷在一項新的研究中來自中國深圳市蘭科植物保護研究中心中科院植物研究所華南農業大學武漢大眾源生科技服務有限公司福建農林大學清華大學深圳研究生院中國臺灣國立成功大學比利時根特大學植物系統生物學中心日本國家農業與食品研究組織花卉園藝學研究所國家先進工業科
Nature:我國科學家成功對深圳擬蘭基因組進行測序,揭示其進化之謎
開花植物深圳擬蘭,圖片來自Zhong-Jian Liu和Li-Jun Chen。
2017年9月15日/生物谷BIOON/---在一項新的研究中,來自中國深圳市蘭科植物保護研究中心、中科院植物研究所、華南農業大學、武漢大眾源生科技服務有限公司、福建農林大學、清華大學深圳研究生院、中國臺灣國立成功大學;比利時根特大學、VIB植物系統生物學中心;日本國家農業與食品研究組織花卉園藝學研究所、國家先進工業科學技術研究所、大成建設株式會社、埼玉大學;南非基因組學研究院的研究人員對蘭科植物深圳擬蘭(Apostasia shenzhenica)的基因組進行了測序。他們描述了他們采用的測序方法以及在這個過程中他們學到了什么。相關研究結果發表在2017年9月13日在線發表在Nature期刊上,論文標題為“The Apostasia genome and the evolution of orchids”。

說蘭科植物在當今世界流行是一種輕描淡寫的說法,正如這些研究人員注意到的那樣,它們當前大約占所有開花植物的10%,而且在地球上除大多數極端的棲息地之外的地方生長。鑒于它具有較強的遷移和適應不同條件的能力,多年來它就已激起了科學家們的興趣。在這項新的研究中,這些研究人員著重關注深圳擬蘭,即一種在中國南方發現的蘭科植物。它大部分是綠色的,開出黃色的花。了解深圳擬蘭花朵的基因組組成揭示出它發生進化從而非常好地適應新條件的方式。

這些研究人員報道他們利用10X基因組學平臺(genomics scaffolding)開展短讀取測序和長讀取測序,從而獲得深圳擬蘭的基因組序列。他們也報道他們利用他們的研究結果對這種植物與其他的蘭科植物進行比較,并且基于轉錄組數據找出相同之處和不同之處。

這些研究人員為深圳擬蘭屬于蘭科植物提供強大的證據:它的大部分基因組幾乎是其他的蘭科植物基因組的虛擬拷貝。他們也發現,正如之前猜測的那樣,它在幾百萬年前與其他的蘭科植物區分開來。他們還發現在蘭科植物出現差異和隨后進化出5種亞科之后,它們經歷一段重大的滅絕時期。他們指出正是在這個時期,諸如知名的“唇狀物(lip)”之類的特征產生了。

這些研究人員的發現提示著深圳擬蘭是進一步開展研究的一種較好的候選對象,這是因為它可能提供進化線索,比如一些導致蘭科植物產生大量花粉(pollonia)和比其他的植物更輕的種子的因素。它也可能解釋了另一種知名的特征:利用其他的植物提供支持的能力。(生物谷 Bioon.com)

參考資料:

Guo-Qiang Zhang, Ke-Wei Liu, Zhen Li et al. The Apostasia genome and the evolution of orchids. Nature, Published online 13 September 2017, doi:10.1038/nature23897

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