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實習醫生日記之頑固失眠

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Cell:大規模RNAi篩選鑒定出對癌癥重要的基因

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摘要:圖片來自年月日生物谷在一個新的研究中研究人員在癌癥中開展大規模的篩選在將近個人癌細胞系中系統性地抑制多個基因從而為多種類型的癌癥鑒定出潛在新的治療靶標這為會癌癥患者治療產生影響相關研究結果發表在年月日的期刊上論文標題為
Cell:大規模RNAi篩選鑒定出對癌癥重要的基因
圖片來自Cell, doi:10.1016/j.cell.2017.07.005
2017年8月5日/生物谷BIOON/---在一個新的研究中,研究人員在癌癥中開展大規模的RNAi篩選,在將近400個人癌細胞系中系統性地抑制7800多個基因,從而為多種類型的癌癥鑒定出潛在新的治療靶標。這為會癌癥患者治療產生影響。相關研究結果發表在2017年7月27日的Cell期刊上,論文標題為“Project DRIVE: A Compendium of Cancer Dependencies and Synthetic Lethal Relationships Uncovered by Large-Scale, Deep RNAi Screening”。論文通信作者為美國諾華生物醫學研究所的E. Robert McDonald和Tobias Schmelzle。這項研究是DRIVE計劃(Project DRIVE)的一部分。

在這項研究中,這些研究人員使用了一種被稱作癌細胞系百科全書(cancer cell line encyclopedia)的功能性工具。這種工具是由諾華生物醫學研究所與布羅德研究所在幾年前合作開發出的,它收集了1000多種不同的細胞系,并且記載了它們的突變和基因表達等分子特征。

這些研究人員試圖對癌癥基因組進行功能性標注。他們最初對癌癥基因組中的突變和基因表達進行描述,但是這并不能告訴人們每種類型的癌癥在乎哪些基因。這就是DRIVE計劃想要鑒定出的。因此,在一種特定的癌癥(比如黑色素瘤)中,黑色素瘤在乎哪些基因,這些基因與肺癌在乎的基因是相同的還是不同的。

最好的情形就是對癌癥基因組進行篩選,但是對這些研究人員而言,真正重要的是深入地分析每個基因的短發夾RNA(shRNA)。對每個基因而言,他們有20個shRNA。鑒于每個基因有如此多的試劑,他們不得不對他們列入的基因進行一些挑選,比如發生突變的癌基因。他們也研究了哪些基因在癌細胞系百科全書中表達。他們最終希望這有助人們開發出新的靶向藥物。

這些研究人員還研究了通常比較復雜的合成致死性(synthetic lethality)。合成致死性指的是,一組基因的缺乏會導致麻煩產生,但是單獨地抑制這些基因中的任何一種并不會產生什么影響。(生物谷 Bioon.com)

參考資料:

E. Robert McDonald, Antoine de Weck, Michael R. Schlabach et al. Project DRIVE: A Compendium of Cancer Dependencies and Synthetic Lethal Relationships Uncovered by Large-Scale, Deep RNAi Screening. Cell, 27 July 2017, 170(3):577–592, doi:10.1016/j.cell.2017.07.005

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