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實習醫生日記之頑固失眠

實習醫生日記之頑固失眠

今日去我院某教授跟門診,有一位中年女性患者因“反復失眠20余年”來就診。在此之前我并不知道真正意義上的熊貓眼,不過今日可真的見識到了,特拍了一張照片:

實習醫生日記之—妊娠劇吐

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劉某,女,32歲,第一次懷孕,停經已12周。該患者停經的第九周開始出現惡心嘔吐,開始時嘔吐尚不多,3-5次每天。后來嘔吐逐漸加重,7-8次每天,嘔不能食,嘔出食物及黃膽水。

實習醫生日記之豬蹄腳

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組成 黃芪10克,黨參(或太子參)10克,丹參10克,炒白術10克,薏苡仁15克,仙鶴草15克,白花蛇舌草15克,甘草5克。功能 益氣活血,健運脾胃。主治 適用于治療慢性萎縮性胃炎,或伴有腸上皮化生等

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【環球科學專訪】百邁客:引領生物信息學產業2.0時代

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摘要:生命科學與信息科學已經發生了不可割裂的融合上世紀年代的人類基因組計劃讓我們窺見了生命儲存傳遞與表達信息的本質屬性與無限潛能隨著基因測序技術成本大幅下降基因數據大量積累生物信息學產業進入跨越式發展正在革新我們的醫療技術重塑普通人的健康但變革最大獲益最多的仍是科研領域一個面向生命科學工作者的信息服務產業應運而生作為中國最初一批生物信息學創業公司之一年成立的百邁客

【環球科學專訪】百邁客:引領生物信息學產業2.0時代

生命科學與信息科學已經發生了不可割裂的融合。上世紀90年代的人類基因組計劃,讓我們窺見了生命儲存、傳遞與表達信息的本質屬性與無限潛能。隨著基因測序技術成本大幅下降、基因數據大量積累,生物信息學產業進入跨越式發展,正在革新我們的醫療技術、重塑普通人的健康。

但變革最大、獲益最多的,仍是科研領域。一個面向生命科學工作者的信息服務產業應運而生。作為中國最初一批生物信息學創業公司之一,2009年成立的百邁客生物科技(BioMarker)在這場變革中扮演了重要角色。八年的發展經歷,為百邁客沉淀下豐富的科研成果與技術產品,更讓這個年輕的創新企業對市場的未來產生了深刻的洞見。在接受《環球科學》采訪時,百邁客董事長及CEO鄭洪坤先生以“基因科技服務2.0時代”,定義和描繪了生物信息學產業當下的發展方向。以下是采訪節選。

生物信息學目前在業界有哪些應用方向,現狀如何?

鄭洪坤:首先嘗試生物信息學新技術的是科研領域,這個市場目前相對成熟,商業模式也相對定型、需求穩定,公司也比較多,對技術類型的要求會更加多樣化。

第二便是與醫療檢測相關的生物信息學業務,包括腫瘤、遺傳病的檢測用藥指導,以及產前檢測。這一類業務,知識積累比較完善,已經有成熟的技術,需求市場早已存在。

面向個人的生物信息學業務,更多偏向健康管理,在基因知識上的不確定性,較前面兩類服務相對更大。這部分業務市場潛力較大,但目前用戶對服務的需求相對并不剛性,發展速度也相對較慢。

百邁客發展的八年間,生物信息學行業發生了哪些變化?

鄭洪坤:生物信息學是隨著高通量測序技術發展起來的。百邁客成立之時,正是高通量測序進入穩定和快速發展的初期。當時測序成本高,產出的數據種類和數據量少。近年來測序的成本急速下降,數據種類和數據量因此指數級增長,這是最大的變化。

成本降低為行業創造了機會,很多的新企業不斷涌現。2009年百邁客成立的時候,國內真正從事生物信息學的企業只有幾家,到現在發展成幾百家,市場競爭更充分,對企業核心競爭力的要求變得更高了。百邁客因此瞄準了遺傳圖譜的構建及分析,以及生物云、特別是基因大數據的可視化分析,這是我們目前在國內領先的核心業務。

未來,生物信息產業主要將往哪里發展?

鄭洪坤:我們可以把生物信息產業未來的發展分成三個大方向,一個方向偏硬件,也就是制造基因檢測的設備,比如測序儀;另一個方向偏軟件,開發分析數據的工具;第三是應用,比如剛剛提到的科研、臨床和個人健康。百邁客瞄準的首先在軟件層面,做廣譜性質的布局,這對技術的要求比較高,也契合我們長期以來積累的優勢。其次,我們也比較看好面向健康與醫療的應用領域,百邁客建立了醫學檢驗所,正在開展腫瘤、用藥的檢測。

有人提出,生物信息學服務已經進入2.0時代,這意味著什么?

鄭洪坤:生物信息學服務的2.0是百邁客第一個明確的提出來的。從1.0到2.0,最大的不同表現在兩個方面。第一是數據的規模,第二是數據分析的可視化程度。
數據的積累是2.0模式的前提。1.0階段數據量比較少,服務以人工為主,用戶只能用自己的數據進行分析。而1.0模式發展到現在,科研領域可用的基因大數據大概在十幾個P(1P=1024T=1048576G)的量級。百邁客在和科研機構合作的過程中,發現了大家對基因大數據價值的認可。科研工作者希望公司解讀數據,但服務方解讀問題始終不夠透徹,于是他們希望自己進行更深入的解讀。這時候,研究工具的性質就變得重要起來。2.0模式的內涵,就是將生物信息工具可視化,讓所有人都有能力挖掘基因大數據。

我們因此搭建了一個2.0的生物信息學服務系統:百邁客云。

我們可以用Dos系統和Windows系統來比喻1.0,和以“百邁克云”為代表的2.0。1.0是Dos,對操作者要求高,需要敲復雜的命令碼;而2.0模式提供了一個Windows界面,讓普通用戶可以使用原本只有程序員才能使用的系統。數據解讀的方便性和易用性得以實現,科研人員同時省去了搭建機房、買服務器,雇傭服務器管理員、軟件和算法工程師的成本——課題組里生命科學專業的學生,就可以使用平臺賬號去挖掘數據。

“百邁客云”同時也是一個數據云端。“百邁客云”的數據有兩大來源,一類是公共數據庫,一類是客戶數據庫。以往研究者只能夠分析自己的數據,“百邁客云”讓科研工作者可以利用其它更多相關的數據,挖掘出有價值的信息。

和已有的一些生物信息學工具相比,“百邁客云”的優勢在哪里?

鄭洪坤:之前的工具或者平臺,最大的特點是單純的工具性。生命科學研究人員很難理解這些工具本質是什么,他們只知道自己想做什么樣的研究。比如美國國立生物技術信息中心(NCBI)的平臺上也有很多小工具,但研究者在面對復雜的生物信息學問題時,往往不知道在什么時候應該用什么具體的工具。

“百邁客云”對不同的工具進行整合。以基因表達研究舉例,我們根據八年的服務經驗,提煉出用戶對分析工具的需求,按照一定的邏輯,把它們分組、分類展示出來。換句話說,做某一些生物信息研究需要的工具,不會跳出我們的分類,因為這是經過成千上萬的科學家一同思考、創新和檢驗,最后由我們歸納整理出來的。

“百邁客云”的模式,有兩個非常重要的特點。第一,是通過多年的服務,體驗了研究人員的各種需求。很多其他生物信息服務提供方,從事的是“主流程”這種相對標準化的開發,其中可調整因素較少。由于沒有對需求進行更多的歸納,用戶需要自己建模塊并對其進行串聯,才能進行生物信息學分析,這使得服務的對象變為了生物信息從業者,而不是普通的生命科學研究者。

“百邁客云”的另一個特點,是擁有足夠多的項目,以驗證產品是否符合研究者的需求。我們有大量的科研項目訂單,開發的產品會首先通過它們來驗證,較快地實現功能的完善,并投入應用。歸根結底,通過長期的服務來懂得客戶需求,是我們和其他從IT行業轉向生物信息服務的同行的根本區別。

“百邁客云”上現在一共有多少個生物信息學分析產品?

鄭洪坤:我們從高通量測序的數據作為出發點來設計產品,目前大概有二三十個產品。我們已經將與高通量測序相關的主流分析都開發成了app,包括轉錄組、小RNA、環狀RNA、linkRNA、外顯子、目標區捕獲、遺傳圖譜、全基因組關聯分析等。

科研人員對生物信息云產品的接受度不斷上升,“百邁客云”目前已經積累了一萬多名科研用戶,這些用戶總體的反饋比較積極,也配合我們專業的技術團隊、生物信息團隊、技術服務團隊,一同參與到產品不斷的迭代優化中。基因大數據與科研服務相結合的模式,已經對生命科學研究產生了明顯的支撐作用,下一步我們會繼續向海外推廣服務。

生物信息學領域發展迅速,生命科學人才和IT技術人才互相交流滲透,您對計劃進軍這個領域的創業者有什么意見與建議?

鄭洪坤:基因科技類的創業現在處于一個不錯的階段,生物醫藥這個產業方向機會很多。生物云平臺其實就為各種創業者提供了一個發揮優勢的平臺:“百邁客云”也可以對第三方的創業者開放,部署自己開發的生物信息學軟件,將營銷等工作交給平臺來做。我很鼓勵年輕人出來創業,創業對技術創新、商業模式創新的要求都比較高,所以需要創業者先把基礎打好,然后勇敢嘗試。(生物谷Bioon.com)

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