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實習醫生日記之頑固失眠

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Nat Methods:新型基因組工具CITE-seq或能實現單細胞大規模多維度分析

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摘要:年月日訊生物谷近日一項刊登在國際雜志上的研究報告中來自紐約基因組研究中心的研究人員通過研究開發了一種新技術或能幫助推動單細胞測序的進程單細胞測序是基因組研究的重要領域其能夠幫助研究人員深入解讀單細胞的特性同時還能夠幫助有效區分不同的細胞類型以及在單細胞水平下研究多種人類疾病的發病機制圖片來源

2017年8月3日 訊 /生物谷BIOON/ --近日,一項刊登在國際雜志Nature Methods上的研究報告中,來自紐約基因組研究中心(NYGC)的研究人員通過研究開發了一種新技術,或能幫助推動單細胞RNA測序的進程,單細胞RNA測序是基因組研究的重要領域,其能夠幫助研究人員深入解讀單細胞的特性,同時還能夠幫助有效區分不同的細胞類型,以及在單細胞水平下研究多種人類疾病的發病機制。

Nat Methods:新型基因組工具CITE-seq或能實現單細胞大規模多維度分析

圖片來源:New York Genome Center

這種名為CITE-seq(Cellular Indexing of Transcriptomes and Epitopes by sequencing,通過測序來進行轉錄組和表位的細胞索引技術)的新型測序技術能夠對數千個單細胞的表面蛋白標記物進行測定,同時還能夠對相同單細胞中的信使RNA進行測序。如今研究人員正在對該技術進行概念驗證研究,他們結合轉錄組學技術,對8000個單細胞表面的10種表面蛋白進行了監測,截至目前為止,這項研究是對單細胞進行的最大規模且多維度的分析。

研究者Marlon Stoeckius博士表示,并沒有其它方法能夠讓我們在同一尺度下同時對細胞的蛋白質及轉錄組學特性進行測定;而CITE-seq已經能夠為轉錄組學分析建立新的方法,同時并不會對所產生的數據的質量產生不利的影響。此前的研究方法主要依賴于在進行單細胞RNA測序之前利用細胞計數法來捕捉單細胞的蛋白質信息,而當前的方法吞吐量較低,而且受限于相對較少的蛋白質標記物。

CITE-seq技術的蛋白質檢測組分基于DNA條形碼抗體,其能夠產生排序的讀數,而且還能夠同時將細胞的轉錄組學信息捕獲,該技術所產生的蛋白質和RNA數據的整合通常需要進行定制化的數據分析。研究者表示,以CITE-seq技術為例進行研究,我們就能夠利用多通道數據來鑒別出自然殺傷細胞(NK細胞)的亞群,而通常僅利用轉錄組學研究很難對自然殺傷細胞的亞群進行區分。

CITE-seq技術能夠精細化分析細胞群體的能力將會使其在研究領域具有更多的應用價值;最后研究者Stoeckius說道,未來一種可能性的研究方向就是在腫瘤樣本中利用CITE-seq技術來檢測單一的腫瘤細胞以及能夠浸潤腫瘤組織的多種不同的免疫細胞池;這項新技術或能用于對腫瘤異質性的深度特性分析,當然其或許還能夠推動免疫治療領域的進展,比如新型腫瘤免疫療法的開發等。(生物谷Bioon.com)

原始出處:

Marlon Stoeckius,Christoph Hafemeister,William Stephenson,et al. Simultaneous epitope and transcriptome measurement in single cells. Nature Methods (2017) doi:10.1038/nmeth.4380 

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