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PNAS:科學家開發生物信息學新工具評估癌基因預測方法準確性

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摘要:在尋找癌癥治療方法的研究中許多科學家使用基因組測序技術尋找促進腫瘤細胞生長的基因突變為了幫助進行基因突變的篩選一些研究人員開發了新的生物信息學方法但是到目前為止仍然有一個重要問題存在在眾多定位促癌基因突變的策略中哪種方法能夠獲得最精確的結果呢

PNAS:科學家開發生物信息學新工具評估癌基因預測方法準確性

2016年12月19日訊 /生物谷BIOON/ --在尋找癌癥治療方法的研究中,許多科學家使用基因組測序技術尋找促進腫瘤細胞生長的基因突變。為了幫助進行基因突變的篩選,一些研究人員開發了新的生物信息學方法。但是到目前為止仍然有一個重要問題存在:在眾多定位促癌基因突變的策略中,哪種方法能夠獲得最精確的結果呢?

為了幫助解決這一謎題,美國約翰斯霍普金斯大學的科學家們自行設計了生物信息學軟件對目前一些發現促癌突變和區分癌細胞內良惡性突變的策略進行評估。

這篇題為“Evaluating the evaluation of cancer driver genes”的文章最近發表在國際學術期刊PNAS上。研究人員表示由于遺傳學研究方法在開發抗癌策略方面有潛在價值,因此對這些方法進行評估有非常重要的意義。

該文章的其中一位作者Bert Vogelstein這樣說道:“發現促進癌癥的基因突變通常都很有挑戰性,但是對于指引抗癌策略的開發是至關重要的。這篇文章建立了新的方法來評估目前用來發現促癌突變的一些技術,對于該領域在未來的進一步發展可能有推動作用。”

文章作者Collin J. Tokheim表示,他們面臨的一個挑戰就是對于判斷一個基因是否是促癌基因還缺乏廣泛的共識。“科學家們會列出他們所認為的促癌基因,但是既沒有官方的參照指南,也沒有金標準。”

Tokheim和他的同事們開發出了一個基于計算機的方法預測促癌基因,也構建了一個評估和對比其他預測方法的體系。他們在這項研究中利用該工具對八種促癌基因預測方法進行了評估。

Tokheim最后說道:“我們的結論就是這些方法還需要進一步改進。我們會公開分享我們的方法,或許會對其他科學家改進他們的策略有所幫助。”(生物谷Bioon.com)

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PNAS:科學家開發生物信息學新工具評估癌基因預測方法準確性

DOI: 10.1073/pnas.1616440113 

Evaluating the evaluation of cancer driver genes

Collin J. Tokheima,b, Nickolas Papadopoulosc,d, Kenneth W. Kinzlerc,d, Bert Vogelsteinc,d,1, and Rachel Karchin

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會議詳情: http://www.bioon.com/z/2017tumor/

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